В соответствии с генеральным планом транспортное хозяйство и все сооружения промышленной площадки ЧАО «Харьковская ТЭЦ-5» выполнены с учетом работы основного производственного оборудования на газомазутном топливе. Основным топливом является природный газ, резервным - мазут марок М40 и М100.

Природный газ поступает на газораспределительный пункт ТЭЦ по газопроводу диаметром 1000 мм от газорегуляторной станции № 5 Линейного управления магистральных газопроводов «Харьковтрансгаз» под давлением 12 кгс/см². Далее он подается в котельное отделение главного корпуса и на ПВК.

Мазут поставляется железнодорожным транспортом. В состав мазутного хозяйства входит:

• двухниточная эстакада слива мазута с фронтом слива – 26 цистерн;
• приемный резервуар вместительностью 1000 м³;
• три резервуара для хранения мазута вместительностью 20 000 м³ каждый;
• насосы для перекачивания мазута и подогреватели мазута.

ЧАО «Харьковская ТЭЦ-5» играет важную роль как предприятие, способное достаточно быстро менять пропорции в производстве тепловой и электрической энергии и выполняет чрезвычайно важную функцию стабилизации давления природного газа в газораспределительных сетях Харькова. Во время обострения дефицита газа даже эпизодичный перевод ЧАО «Харьковская ТЭЦ-5» с газа на мазут спасает харьковскую региональную энергосистему от коллапса.